故事述说一位名叫百鬼丸的男孩,因为父亲梦想称霸乱世,于是与四十八只魔神做出约定,将百鬼丸的身体分为48个部份,让魔神拿走。所以百鬼丸为了拿回自己的身体器官便出发讨伐魔神,途中遇上小偷多罗罗,展开与妖怪战斗的冒险。 故事中带有强烈的讽刺意味,例如战争不断,但只有平民百姓受苦;当百鬼丸替村民杀死妖怪后,反而被赶出村,表现出人情冷漠;而其中板门之卷带有讽刺柏林墙及板门店。